Perancangan Primer Gen MecA Dengan Metode Insilico

ABSTRAK
MecA adalah gen yang menyebabkan resistensi antibiotik dan terkandung di dalam Staphylococcus aureus. Gen dapat dideteksi menggunakan pasangan primer (maju dan mundur). Primes adalah nukleotida pendek yang digunakan sebagai titik perlekatan DNA polimerase dan sebagai penahan fragmen target DNA untuk diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Tujuan penelitian ini adalah merancang dan menganalisis urutan primer nukleotida dari MecA. Penelitian ini menggunakan metode in silico pada aplikasi NCBI (National Center of Biotechnology Information), https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, clone manager10, oligoanalyzer3.1,https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer, perlprimer dan primer3plushttp://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi .Hasil analisis desain dan kandidat primer menunjukkan bahwa kandidat primer maju dan mundur yang memenuhi kriteria dengan urutan dasar 18-30, 40-60 GC%, Tm 50-60, 3 'dimer ?3, stabilitas ? 1,2, struktur sekunder> -16 Kcal / mol, berjalan ?5, berulang ?4, hairpins> -3 Kcal / mol. Kesimpulannya adalah kandidat primer maju pertama dengan 19 pasangan basa (5'GTGAAGCAACCATCGTTAC'3),% GC 47Tm 58oC, 3'dimer 2, stabilitas 1.6, struktur sekunder -1,95 dan -3,61 Kcal / mol, running 2, jepit rambut -0,1 start 53844 dan kandidat pertama primer terbalik terbalik dengan 21 pasangan basa (5'CCTTCTACACCTCCATATCAC'3),% GC 47, Tm 58oC, 3'dimer 0, stabilitas 1.3, struktur sekunder -4,74 dan -5,38 Kcal / mol, run 2, hairpins -2.5 dan start 55852. Kedua primer tersebut dapat digunakan untuk identifikasi gen MecA dengan metode PCR,

Kata kunci : MecA gen, PCR, Primer, Amplifikasi