Perancangan Primer Gen Pel (pectate Lyase) Dengan Metode Insilico

ABSTRAK
Gen pel (pectate lyase) merupakan gen yang menyebabkan resistensi pada antibiotik aminoglikosida dan gen tersebut terdapat didalam bakteri pseudomonas auriginosa. Gen tersebut dapat dideteksi dengan menggunakan sepasang primer (forward dan reverse). Primer adalah nukleotida pendek yang digunakan sebagai titik pelekatan enzim polimerase DNA dan sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dalam proses polymerase chain reacton (PCR). Tujuan penelitian ini untuk mengetahui bagaimana cara merancang dan menganalisis urutan nukleotida primer gen pel (pectate lyase). Penelitian ini menggunakan metode insilico pada aplikasi NCBI (National Center for Biotechnology Information) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, aplikasi clone mananger10, oligoanalyzer3.1 https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer, aplikasi perlprimer dan aplikasi primer3plus http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi dimana gen pel (pectate lysae) sebagai gen target. Hasil perancangan dan analisis kandidat primer gen pel(pectate lyase) menunjukkan bahwa primer forward pada kandidat 1 dan primer reverse pada kandidat 3 memenuhi kriteria primer yaitu panjang basa 18-30, %GC 40-60, Tm 50-60, 3’dimer ?3, stabilitas ?1,2, struktur sekunder >-16 Kcal/mol, runs ?5, repeats ?4, hairpins >-3 Kcal/mol dan start sebelum atau sesudah gen target. Kesimpulannya adalah primer forward pada kandidat 1 dengan kriteria 20 bp, %GC 50, Tm 62oC, 3’dimer 1, stabilitas 3, struktur sekunder -3,54 dan -5,38 Kcal/mol, runs 3, hairpins -1,21 dan start 2135667 dan primer reverse pada kandidat 3 dengan kriteria dengan kriteria 20 bp, %GC 50, Tm 62oC, 3’dimer 1, stabilitas 3, struktur sekunder -5,38 dan -4,74 Kcal/mol, runs 1, hairpins -0,91 dan
start 2147663.
Kata kunci : Gen pel, Insilico, Perancangan primer.