Skrining Virtual Dan Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Dari Genus Nigella Terhadap Penghambatan Aktivitas Enzim Protease HIV-1

Nigella merupakan genus dari tumbuhan yang diketahui memiliki potensi sebagai anti HIV. Salah satu spesies dari genus Nigella yaitu Nigella sativa telah diteliti memiliki aktivitas penghambatan enzim protease HIV-1. Hingga kini, belum terdapat laporan senyawa metabolit spesifik yang berpotensi menghambat enzim protease HIV-1 dari genus Nigella. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan senyawa dari genus Nigella yang berpotensi sebagai inhibitor enzim protease HIV-1 melalui skrining virtual dengan metode molecular docking menggunakan program Autodock Vina dan mengetahui kestabilan interaksi melalui simulasi dinamika molekuler menggunakan program AMBER. Data senyawa kimia genus Nigella diperoleh dari situs KnapSack, dan model enzim diunduh dari Protein Data Bank kode 3NU3. Berdasarkan hasil molecular docking diperoleh energi afinitas senyawa Nigellidine 4-O-sulfite dari genus Nigella sebesar -13,4 kkal/mol. Energi afinitas ligan asli (Amprenavir) sebesar
-12,1 kkal/mol. Energi afinitas yang lebih besar membuat Nigellidine 4-O-sulfite berpotensi menjadi inhibitor Protease HIV. Hasil simulasi dinamika molekuler diperoleh nilai Root Mean Square Fluctuation (RMSF) berturut-turut Nigellidine 4- O-sulfite dengan asam amino sisi aktif enzim sebesar 0,4064 Ã… untuk ASP:25 dan 0,5667 Ã… untuk ASP:125. Sedangkan RMSF interaksi ligan asli dengan asam amino sisi aktif enzim yaitu ASP:25 sebesar 0,3647 Ã… dan ASP:125 sebesar 0,3639 Ã…. Nilai RMSF Nigellidine 4-O-sulfite yang lebih besar menggambarkan kestabilan interaksi yang lebih rendah dibandingkan ligan asli.